Author: Michael R. Crusoe <crusoe@debian.org>
Description: Use the Debian packaged version of libssw
Forwarded: not-needed
--- vg.orig/Makefile
+++ vg/Makefile
@@ -249,7 +249,6 @@
 SPARSEPP_DIR:=deps/sparsepp
 SHA1_DIR:=deps/sha1
 DYNAMIC_DIR:=deps/DYNAMIC
-SSW_DIR:=deps/ssw/src
 LINLS_DIR:=deps/sublinear-Li-Stephens
 STRUCTURES_DIR:=deps/structures
 DOZEU_DIR:=deps/dozeu
@@ -276,7 +275,6 @@
 # If you just pass them to ar it puts the library *file* in libvg where nothing can read it.
 LIB_DEPS =
 LIB_DEPS += $(LIB_DIR)/libsdsl.a
-LIB_DEPS += $(LIB_DIR)/libssw.a
 LIB_DEPS += $(LIB_DIR)/libgcsa2.a
 LIB_DEPS += $(LIB_DIR)/libgbwt.a
 LIB_DEPS += $(LIB_DIR)/libgbwtgraph.a
@@ -391,9 +389,6 @@
 	+. ./source_me.sh && cd $(SDSL_DIR) && BUILD_PORTABLE=1 CXXFLAGS="$(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS)" ./install.sh $(CWD) $(FILTER)
 endif
 
-$(LIB_DIR)/libssw.a: $(SSW_DIR)/*.c $(SSW_DIR)/*.h
-	+. ./source_me.sh && cd $(SSW_DIR) && $(MAKE) $(FILTER) && ar rs $(CWD)/$(LIB_DIR)/libssw.a ssw.o ssw_cpp.o && cp ssw_cpp.h ssw.h $(CWD)/$(LIB_DIR)
-
 $(INC_DIR)/gcsa/gcsa.h: $(LIB_DIR)/libgcsa2.a
 
 $(LIB_DIR)/libgcsa2.a: $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libdivsufsort.a $(LIB_DIR)/libdivsufsort64.a $(wildcard $(GCSA2_DIR)/*.cpp) $(wildcard $(GCSA2_DIR)/include/gcsa/*.h)
@@ -745,7 +740,6 @@
 	cd $(DEP_DIR) && cd gbwt && $(MAKE) clean
 	cd $(DEP_DIR) && cd gbwtgraph && $(MAKE) clean
 	cd $(DEP_DIR) && cd gssw && $(MAKE) clean
-	cd $(DEP_DIR) && cd ssw && cd src && $(MAKE) clean
 	cd $(DEP_DIR) && cd progress_bar && $(MAKE) clean
 	cd $(DEP_DIR) && cd sdsl-lite && ./uninstall.sh || true
 	cd $(DEP_DIR) && cd libVCFH && $(MAKE) clean
